阿米巴经营是稻盛和夫先生在京瓷公司的经营过程中，为实现京瓷的经营理念而独创的经营管理手法。在阿米巴经营中，把公司组织划分为被称作“阿米巴”的小集体。各个阿米巴的领导者，自行制定所在阿米巴的计划，并依靠阿米巴全体成员的智慧和努力共同来完成目标。
那何谓阿米巴组织？这就要谈到在企业组织学中一个亘古的话题：组织的合与分。如果仅从组织形态上来说，阿米巴组织和传统企业里相差无几，可以有多种划分的依据，如职能、经营区域、价值链的不同环节等。而阿米巴经营最独特之处在于划小的经营单元是独立核算的，每个阿米巴的负责人要对本阿米巴的经营而不仅仅是对职责和任务负责。
因为有了对于经营的突出和强调，阿米巴组织的划分就有了特殊的要求。一般来说，在组织内部存在两种类型的小单元，一种单元是可以进行收支核算的，另一种单元只会产生支出而没有收入，在阿米巴体系内部分别称之为PC（核算）单元和NPC（非核算）单元。
除了对于经营的突出和强调，阿米巴组织与传统企业里的组织划分概念是否相同？是否可以直接把原来的组织结构更名为相应的阿米巴组织就可以了呢？显然答案是否定的。阿米巴经营是一套完整的经营管理体系，在组织划分方面有其独特的原则和特点。阿米巴的划分需要在准确把握企业实际情况的基础上，同时基于以下三条原则。
阿米巴组织划分的三原则
第一原则是划分后的阿米巴能够成为独立核算组织，需要“有明确的收入，同时能够计算出为获取这些收入而所需的支出”。这种收入有两种来源，一种为实实在在的来自外部的收入，另一种则可以在内部建立相应的规则，进行模拟收入。外部收入自然具体、明确，可内部模拟收入如何做到明确，确实是许多实施阿米巴经营的企业常常会碰到的难题。如果有可以借鉴的外部市场价格自然是好的，如果没有，则需要内部建立完善的交易规则。如果交易双方实在无法达成一致，稻盛先生则提出了“让上级以经营哲学为基础进行公平公正的判断”。这一点其实也是很多不够了解阿米巴的研究者诟病阿米巴的一个重要原因。
其实阿米巴经营本身是在长期的经营实践中总结出来的，在不断的尝试、不断的解决难题的过程中自然形成并不断自我完善的一套体系。所以我们在实践阿米巴经营的过程中，首先要本着这种依据实际情况来进行权变的态度进行。
第二个原则是“最小单位组织的阿米巴必须是独立完成业务的单位”。换而言之，阿米巴必须是作为一项独立业务而成立的、拥有完成这项业务所需的最小限度的功能。正因为阿米巴是作为一项独立业务而成立的，所以阿米巴才具有了明确的目标和使命。而使命是一个组织存在的意义，也是把阿米巴成员组织起来为之工作、奋斗的目标，这事一个团体称之为组织的基本条件。因此阿米巴必须是独立完成业务的单位。
那阿米巴应该划分到什么程度？就应该主要依据这条原则来确定。首先，阿米巴组织一定不是越细越好。一方面组织过细，流程运作中的问题交涉过多，需要收集的数据也过于繁杂，结果反而造成运营低效和若干不必要的时间浪费；另一方面，组织过细会造成单个阿米巴的工作内容大多是固定流程和标准动作，巴内成员没有足够的自由度去进行革新、创新。所以阿米巴组织划分到何种程度的标准是：一定要有利于阿米巴长及阿米巴成员通过钻研创新来改进工作。
正因为有了以独立完成一项任务的原则进行划分，每个阿米巴的经营情况才容易做出明确的判断，同时阿米巴成员才能够在较为明确的工作范围内的最大程度进行钻研创新。也正基于此，才能够激发巴内所有成员为了目标而发挥各自最大的能动性。
第三个原则是“能够贯彻公司整体的目标和方针”。即使能够明确计算收支情况并且成为一个能够独立完成业务的单位，但如果妨碍了公司方针的实施，就不能把它独立成一个阿米巴。如果将组织细分成阿米巴之后，公司内部的协调配合机制被分割得支离破碎，就无法完成公司总体的使命。
L公司是我们求是达明管理咨询公司服务过的一家农业发展集团公司，其下设各项目子公司，独立运作当地的种植、养殖、农机及产后服务等七个模块的运作。在进行阿米巴划分过程中，按照第一条原则，能够独立核算，“有明确的收入，同时能够计算出为获取这些收入而所需的支出”进行划分，项目公司七大模块，通过一定的规则设置都可以满足这个条件。
于是接下来按照第二条原则“最小单位组织的阿米巴必须是独立完成业务的单位”进行检验。七大模块中的项目申报、指标交易和产业招商模块，虽然有明确的任务，但其整个业务的完成需要项目公司多个部门的协调完成，所以不能算是能够独立完成业务的单位，也很难通过自己巴内成员的钻研创新对整个业务结果造成明显影响。也就是这三个模块业务成员的努力成绩，并不能直观的在业务成绩中得到体现，因此没有划分阿米巴的价值。
这样还有四个模块，按照第三条原则“能够贯彻公司整体的目标和方针”继续检验。其中的机械服务模块，如果独立划分阿米巴，除了本公司的业务，一定也会尽力自己的收入，去拓展外面的业务，这当然是非常好的事情，也是阿米巴的初衷之一，但既然作为独立业务运作，必然会产生设备调配时间与产后服务收获需求时间、农场要求服务时间多方面的矛盾，不利于公司整体目标和方针的贯彻。于是我们把机械服务模块与产后服务模块整合为一个阿米巴。这样既可以保留机械服务的最大化利用，又可以通过农场与产后服务双方紧密配合的协调机制化解掉不必要的矛盾。
最终结合企业实际情况，确立了这一层级的三个大的阿米巴组织。之后继续应用这三个原则对种植和养殖模块进行下一级的细分。
稻盛先生曾有言：阿米巴组织划分是阿米巴经营的开始，也是阿米巴经营的终结。我们在实践阿米巴经营的过程中，一定是在理论指导的基础上结合企业实际情况，阿米巴实践落地的过程，也就是两者相融、相合的过程。所以企业在导入阿米巴经营进行阿米巴划分的过程中，应该反复进行原理原则的学习和验证，不断结合企业现状及外部环境变化、客户变化，对阿米巴进行调整优化，努力成为一家真正做到积极创新、活力四射的全员经营企业。